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彭城
研究员(招生专业方向:生物化学与分子生物学)/ chengpeng@ynu.edu.cn/生物信息学和功能基因组

个人简介

 

4E0B9


彭城,研究员,博导。中国计算机学会生物信息学专业委员会委员,中国医药生物技术协会基因检测技术分会委员和Frontiers in Genetics期刊客座编辑。主要从事生物信息学和功能基因组学研究,以通讯作者和第一作者在Cell Biology and ToxicologyNucleic Acids ResearchPLoS Computational BiologyBiophysical Journal等期刊发表多篇论文。

 

教育经历

20069-201112月,上海交通大学,计算机软件与理论,博士

200812-201011月,美国加州大学伯克利分校,生物工程,访学

20039-20066月,湖北大学,系统分析与集成,硕士

19999-20036月,湖北大学,计算机科学与技术,学士

 

工作经历

20196-至今,云南大学,威尼斯游戏大厅生命科学中心,研究员

20146-20196月,华中农业大学,信息学院,副教授

201312-20146月,华中农业大学,生命科学技术学院,副教授

201112-201312月,华中农业大学,生命科学技术学院,讲师

 

研究方向

1、三维基因组

基因组三维空间结构与转录调控、DNA复制和遗传变异等生物过程具有紧密联系,因此认识基因组三维空间结构的组织模式具有重要意义。染色体构象捕获技术及其衍生技术通过DNA测序来捕获染色质互作,从不同尺度上揭示了基因组三维空间结构的组织特征。本课题组主要整合染色质互作、基因组、表观组和转录组等多组学数据解析三维基因组形成机理和调控功能,并结合实验来研究和验证三维基因组在重要生物过程中的功能。

 

2、空间表达谱

单细胞测序能够获得每个细胞的RNA表达量、DNA表观遗传修饰或其它信息,但是当前单细胞测序技术通常是将组织细胞分离后再进行建库测序,丢失了每个细胞在组织中的空间位置信息。空间表达旨在组织中进行原位建库或测序,从而在保持细胞空间位置信息的基础上使用成像或测序技术来捕获细胞中的分子表达量(如RNA、蛋白或其它小分子)。本课题组将致力于建立空间表达的研究平台,并将其应用于器官发育和组织病理检测等问题。

 

3、生物信息学软件开发

本课题组将开发生物信息学软件来处理和分析高通量数据,如三维基因组、空间表达、RNA-RNA互作和表观遗传修饰等高通量数据。目前已经开发生物信息学软件HiCHapTADLibAutoChrom3D用于分析高通量染色质互作数据,用于识别基因组三维空间结构特征和重建基因组三维空间结构。

 

研究生招生专业方向:生物化学与分子生物学

(说明:本实验室招生时不要求学生具有生物信息学基础,大部分研究生都是在进入实验室后开始学习生物信息。)

 

发表论文#表示共同第一作者,*通讯或并列通讯作者)

1. Zi Wen, Zhi-Tao Huang, Ran Zhang, Cheng Peng*. ZNF143 is a regulator of chromatin loop. Cell Biology and Toxicology, 2018, 34:471-478.

2. Xiao-Tao Wang, Wang Cui, Cheng Peng*. HiTAD: detecting the structural and functional hierarchies of topologically associating domains from chromatin interactions. Nucleic Acids Research, 2017, 45(19): e163.

3. Xiao-Tao Wang, Peng-Fei Dong, Hong-Yu Zhang, Cheng Peng*. Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes. Nucleic Acids Research, 2015, 43(15):7237-7246.

4. Ting Xie#, Jue-Fei Zheng#, Sheng Liu, Cheng Peng, Yong-Ming Zhou, Qing-Yong Yang*, Hong-Yu Zhang. De Novo Plant Genome Assembly based on Chromatin Interactions: A Case Study of Arabidopsis thaliana. Molecular Plant, 2015, 8(3): 489-492.

5. 彭城#,李国亮#,张红雨*,阮一骏*,染色质三维空间结构重建及其生物学意义,中国科学:生命科学,2014,448):794-802.

6. Cheng Peng#*, Liang-Yu Fu#, Peng-Fei Dong, Zhi-Luo Deng, Jian-Xin Li, Xiao-Tao Wang, Hong-Yu Zhang*. The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Research, 2013, 41(19):e183.

7. Cheng Peng, Teresa Head-Gordon. The Dynamical mechanism of auto-inhibition of AMP-activated protein kinase. PLoS Computational Biology. 2011,7:e1002082.

8. Cheng Peng*, Liqing Zhang, Teresa Head-Gordon*. Instantaneous normal modes as an unforced reaction coordinate for protein conformational transition. Biophysical Journal. 2010,98:2356-2364.